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Ver el documento (formato PDF)   Caro, Florence.  "Estudio de la traducción a escala genómica y métodos de manipulación genética en el parásito de la Malaria, Plasmodium falciparum"  (2012-08-01)
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
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Resumen:
Plasmodium falciparum es el parásito que causa la malaria más severa en humanos, enfermedad que afecta mundialmente a 200–300 millones de individuos al año. La descripción del genoma, del transcriptoma y del proteoma son un recurso importante para poder entender la función y la regulación de la expresión génica. En el caso del parásito P. falciparum, el 60% de los genes anotados siguen siendo hipotéticos, debido a la gran distancia evolutiva del parásito respecto de organismos modelo. Por otro lado, la presencia y abundancia de un ARNm no necesariamente se correlaciona con la abundancia de la proteína correspondiente y la cuantificación de estos parámetros son por lo tanto representaciones imperfectas de la regulación génica y proteómica subyacente. En esta tesis se establece la conexión entre ARNm y proteína midiendo directamente la traducción a nivel genómico usando la técnica de perfilamiento ribosomal, revelando por primera vez la dinámica de este proceso durante los estadíos intraeritrocíticos del parásito. Los resultados obtenidos demuestran que los procesos de transcripción y traducción están estrechamente acoplados, que el 11% del transcriptoma está regulado traducciónalmente y que este tipo de regulación juega un rol importante en genes con funciones de egreso e invasión del merozoito. Además, se presenta un conjunto de métodos mejorados para la manipulación genética a escala genómica de P. falciparum. Este conjunto de protocolos puede ser aplicado para la investigación y descubrimiento de la función de los genes del parásito.

Abstract:
Plasmodium falciparum is the causative agent of the most burdensome form of human malaria, affecting 200–300 million individuals per year worldwide. For the study of P. falciparum, the description of the genome, the transcriptome and the proteome are a tremendous resource for understanding gene function and gene expression regulation. However, 60% of the annotated genes in the genome remain hypothetical due to the evolutionary distance of this parasite to model organisms, and mRNA and protein abundance measurements remain imperfect representations of the underlying genetic and proteomic regulation, since the presence and abundance of an mRNA species does not necessarily correlate with the abundance of the corresponding protein. The work presented in this thesis bridges this disconnect by measuring whole genome translation, using the ribosome profiling technique, revealing for the first time translation dynamics throughout the asexual intraerythrocytic developmental cycle. The findings show that transcription and translation are tightly coupled in this parasite, that 11% of the transcriptome is translationally regulated and that this type of regulation plays a major role on genes related to merozoite egress and invasion. Additionally, presented here is an improved set of methods for 96-well plate-based transfection and culture that facilitate genome-scale genetic manipulation of P. falciparum. This set of protocols can be applied to investigation and discovery gene functions in this parasite.

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Registro:
Título : Estudio de la traducción a escala genómica y métodos de manipulación genética en el parásito de la Malaria, Plasmodium falciparum     =    Genome-scale translation and genetic manipulation of the Malaria parasite Plasmodium falciparum
Autor : Caro, Florence
Director : Vazquez, Martín
DeRisi, Joseph L.
Consejero : Muschietti, Jorge
Jurados : Coso, Omar  ; Ruzal, Sandra M.  ; Buscaglia, Carlos A.
Año : 2012-08-01
Editor : Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación : Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
University of California San Francisco, USA. Biochemistry Department. DeRisi Laboratory
Grado obtenido : Doctor de la Universidad de Buenos Aires en el área de Ciencias Biológicas
Ubicación : Preservación - http://digital.bl.fcen.uba.ar/gsdl-282/cgi-bin/library.cgi?a=d&c=tesis&d=Tesis_5171_Caro
Idioma : Español
Area Temática : Biología / Genética
Biología / Parasitología
Palabras claves : TRADUCCION; TRANSCRIPTOMA; TRANSFECCION; PLACAS DE 96 WELLS; ESCALA GENOMICA; TRANSLATION; TRANSCRIPTOME; TRANSFECTION; 96-WELL PLASTES; WHOLE GENOME SCALE
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