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Ver el documento (formato PDF)   Radusky, Leandro Gabriel.  "Herramientas bioinformáticas para el análisis estructural de proteínas a escala genómica"  (2017-03-10)
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
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Resumen:
El desarrollo de herramientas computacionales para el cálculo y análisis de datos se encuentra actualmente en constante expansión en diferentes campos de la ciencia, particularmente en el campo de las ciencias de la vida, donde la cantidad de datos disponibles, generados por nuevas técnicas experimentales convierte en fundamental la implementación de técnicas computacionales para el análisis y manejo de datos y su transformación en conocimiento. En este sentido, focalizándose en el campo de la bioinformática estructural de proteínas y la quimioinformática, nos hemos concentrado en la generación de herramientas y aplicación de las mismas en problemas relacionados con la salud humana. El presente trabajo de tesis tiene como primer objetivo proponer nuevos procedimientos para el descubrimiento de blancos proteicos relevantes en organismos bacterianos, usando como caso de estudio Mycobacterium tuberculosis . El segundo objetivo de esta tesis es el de, seleccionado el blanco proteico dentro de un genoma de interés, estudiar cuáles son las características que debiera cumplir una molécula para tener buenas probabilidades unirse a dicho blanco y a partir de la misma proponer posibles ligandos derivados de bases de datos de compuestos. El tercer objetivo de esta tesis es poder comprender y predecir cuáles serán los efectos en la función de una proteína determinada (potencialmente cualquiera que sea de interés del usuario) de mutaciones no sinónimas que se produzcan en su secuencia. Los tres objetivos han sido abordados desde un punto de vista computacional y todos los métodos desarrollados pueden considerarse herramientas i nsilico. Más allá de su aplicación en organismos o proteínas puntuales como casos de estudio, todos los desarrollos pueden ser extendidos y reutilizados de manera directa y automática sobre otros organismos o proteínas. Los resultados obtenidos han sido validados contra la literatura existente, permitiendo reproducir resultados experimentales y/o manualmente curados de una manera automática, lo que supone una reducción de tiempo y recursos en los procesos en los que estas herramientas están involucradas.

Abstract:
The development of computational tool for data calculation and analysis is actually in constant expansion through the different fields of science, particularly in the field of the life sciences, where the amount of available data produced by novel experimental techniques makes indispensable the implementation of computational techniques to handle and analyze the data and its transformation into knowledge. In this sense, focusing in the field of the protein's structural bioinformatics and the cheminformatics, we concentrated our efforts in building tools and apply them in problems related to human health. The present thesis work has as first objective to propose novel procedures to discover relevant protein targets in bacterial organisms, using as case of study Mycobacterium tuberculosis . The second objective of this thesis is to, once selected the protein target within a genome, to study which are the properties that a molecule has to fulfill to have good chances of binding to this target, and based in it to propose possible ligands derived from a compound database. The third propound objective is to comprehend and predict which will be the effects in the protein function (potentially any protein of user interest) of nonsynonymous mutations produced in their sequence. All the three objectives has been addressed from a computational point of view and all the developed methods can be considered in-silico tools. Besides of its application in punctual organisms or protein targets as cases of study, all this developments can be extended and reused in a direct manner over other organisms/proteins. The obtained results has been validated against the existent literature, allowing to reproduce experimental and/or manually curated results in an automatic way, which supposes a saving of time and resources in the processes where this tools are involved.

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Registro:
Título : Herramientas bioinformáticas para el análisis estructural de proteínas a escala genómica     =    Bioinformatic tools for a genomic scale analysis of protein structure
Autor : Radusky, Leandro Gabriel
Director : Martí, Marcelo Adrián
Turjanski, Adrián Gustavo
Consejero : Turjanski, Adrián Gustavo
Jurados : Durán, Fernando J.  ; Davio, Carlos Alberto  ; Monteverde, Hugo Mario N.
Año : 2017-03-10
Editor : Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación : Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Departamento de Química Biológica (DQB)
Grado obtenido : Doctor de la Universidad de Buenos Aires en el área de Química Biológica
Ubicación : Preservación - http://digital.bl.fcen.uba.ar/gsdl-282/cgi-bin/library.cgi?a=d&c=tesis&d=Tesis_6165_Radusky
Idioma : Español
Area Temática : Biología / Bioquímica
Biología / Bioinformática
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